สาขาวิชาวิทยาการคอมพิวเตอร์ คณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ เริ่มดำเนินงานจัดการเรียนการสอนรายวิชาด้านวิทยาการคอมพิวเตอร์ ภายใต้การบริหารจัดการและการดำเนินงานของภาควิชาคณิตศาสตร์ มาตั้งแต่ปีการศึกษา 2522 และเปิดสอนหลักสูตร วท.ม.(วิทยาการคอมพิวเตอร์) ในปีการศึกษา 2529 เปิดสอนหลักสูตร วท.บ.(วิทยาการคอมพิวเตอร์) ในปีการศึกษา 2534 เนื่องจากเป็นสาขาวิชาใหม่ที่มีนักศึกษานิยมและสนใจเลือกเรียนกันเป็นจำนวนมาก มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ จึงได้บรรจุขอจัดตั้งเป็นภาควิชาฯ ในแผนพัฒนาการศึกษาระดับอุดมศึกษา ระยะที่ 7 (พ.ศ.2535-2539) แต่เนื่องจากเหตุขัดข้องบางประการ ทำให้โครงการจัดตั้งภาควิชาวิทยาการคอมพิวเตอร์ดำเนินไปอย่างล่าช้า และถูกชะลอโครงการเมื่อประเทศไทยประสบปัญหาวิกฤตเศรษฐกิจในปี พ.ศ.2541 อย่างไรก็ตาม เพื่อให้การบริหารจัดการและการดำเนินงานคล่องตัวตามทันเทคโนโลยีคอมพิวเตอร์และสารสนเทศที่ก้าวไปอย่างรวดเร็ว ประกอบกับการมีนักศึกษาในสาขาวิชาจำนวนมากและขอบเขตงานที่ชัดเจน จึงทำให้โครงการจัดตั้งภาควิชาวิทยาการคอมพิวเตอร์แยกการบริหารจัดการจากภาควิชาคณิตศาสตร์มาดำเนินงานเอง ตั้งแต่ปลายปีการศึกษา 2541 และสภามหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ได้อนุมัติให้เป็นภาควิชาวิทยาการคอมพิวเตอร์ ตั้งแต่วันที่ 22 มกราคม 2546 ต่อมาเปิดสอนหลักสูตร ปร.ด. วิทยาการคอมพิวเตอร์ (นานาชาติ) ในปีการศึกษา 2557

ภาควิชาฯ จัดการศึกษาในหลักสูตรปัจจุบัน ดังนี้

• หลักสูตร วท.บ.(วิทยาการคอมพิวเตอร์) ฉบับปรับปรุง พ.ศ.2559
• หลักสูตร วท.ม.(วิทยาการคอมพิวเตอร์) ฉบับปรับปรุง พ.ศ.2560
• หลักสูตร ปร.ด. วิทยาการคอมพิวเตอร์ (นานาชาติ) หลักสูตรใหม่ พ.ศ.2555